Объявление

Свернуть
Пока нет объявлений.

SPM или FSL?

Свернуть
X
  • Фильтр
  • Время
  • Показать
Очистить всё
новые сообщения

  • SPM или FSL?

    Собственно, решил, наконец, сменить ОС на Linux и задумался: не поставить ли мне на нее FSL... На сайте программы выложены подробные учебники, где step-by-step расписано что и как нужно делать для каждого из типов исследований. Сами разработчики утверждают, что их voxel-based morphometry - самый-самый морфометричный)), dti-режим мне показался (в теории) понятнее. Сам лично никогда с FSL не работал, поэтому хочется узнать мнение тех кто с ней знаком.

  • #2
    Re: SPM или FSL?

    SPM или FSL? = Блондинки или брюнетки?

    дело вкуса

    Комментарий


    • #3
      Re: SPM или FSL?

      Так оно и есть... но в FSL есть ряд функций, которые SPM просто-напросто не поддерживает (например, трактография). А вот помучиться с установкой, похоже, придется побольше...

      Комментарий


      • #4
        Re: SPM или FSL?

        Запустил FSL... Честно говоря, технической частью остался доволен. Среди плюсов в данный момент выделю "разжеванный" учебник, широкие возможности для анализа dti (трактография, VBM-style, TBSS...), множество встроенных атласов. Из недостатков (лично для меня) - "скриптовость" (хотя в учебник входит целый раздел по скриптам) - действительно, много манипуляций приходится выполнять из командной строки, непростой для освоения блок fMRI (Кстати, поясните пожалуйста что такое "Model-Free fMRI"?).

        Что касается установки - то тут проблем не возникло. При наличии дистрибутива CentOS 5 программа ставится легко и просто.

        Нашел презентацию, где проведено сравнение двух программ:

        http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/co...fsl_vs_spm.ppt

        Комментарий


        • #5
          Re: SPM или FSL?

          Сообщение от Awl Посмотреть сообщение
          Запустил FSL... Честно говоря, технической частью остался доволен. Среди плюсов в данный момент выделю "разжеванный" учебник, широкие возможности для анализа dti (трактография, VBM-style, TBSS...), множество встроенных атласов. Из недостатков (лично для меня) - "скриптовость" (хотя в учебник входит целый раздел по скриптам) - действительно, много манипуляций приходится выполнять из командной строки, непростой для освоения блок fMRI (Кстати, поясните пожалуйста что такое "Model-Free fMRI"?).

          Что касается установки - то тут проблем не возникло. При наличии дистрибутива CentOS 5 программа ставится легко и просто.

          Нашел презентацию, где проведено сравнение двух программ:

          http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/co...fsl_vs_spm.ppt
          Спасибо, буду знать что меня ждет, если соберусь порабоать с FSL!

          "Model-Free fMRI" - это, если не ошибаюсь, Independent Component Analysis, ICA. Вот, есть, например, такой тулбокс для матлаба: http://icatb.sourceforge.net/

          Комментарий


          • #6
            Re: SPM ХКХ FSL?

            гДПЮБЯРБСИРЕ!
            Ъ МЮВЮКЮ НЯБЮРБЮРЭ АЕГЦПЮМХВМШЕ ОПНЯРНПШ SPM Х FSL.
            х ЙЮЙ ПЮГ Я FSL БНГМХЙКЮ ОПНАКЕЛЮ: ДЕКЮЧ ЮМЮКХГ FSL-VBM, ДНЬКЮ ДН ОНЯКЕДМЕЦН Х НВЕМЭ БЮФМНЦН ЬЮЦЮ
            E - Displaying your FSL-VBM results
            http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslvbm/index.html

            НЯСЫЕЯРБКЪЕРЯЪ ТСМЙЖХЕИ
            randomise -i GM_mod_merg_s3 -m GM_mask -o fslvbm -d design.mat -t design.con -c 2.3 -n 5000 -V

            ЙЮЙ Ъ ОНМЪКЮ 5000 - ЕРН ЙНКХВЕЯРБН ХГЛЕМЕМХИ (permutations of the data when building up the null distribution to test agains), МН С ЛЕМЪ ОНЯКЕ 56-НИ МЕ УНВЕР ОПНДНКЩЮРЭ, МЕ БШДЮЕР НЬХАНЙА МХВЕЦН МЕ ДЕКЮЕР. ъ ФДЮКЮ ЯСРЙХ Б МЮДЕФДЕ, ВРН ЩРЮ НОЕПЮЖХЪ ГЮМХЛЮЕР ОПНЯРН ЛМНЦН БПЕЛЕМХ, МН РВЕРМН.

            ЕЯКХ ЙРН-РН ЛНФЕР ОНЛНВЭ Я ПЕЬЕМХЕЛ ЩРНИ ОПНАКЕЛШ, АСДС АКЮЦНДЮПМЮ

            Комментарий


            • #7
              Re: SPM или FSL?

              Moony,

              Похоже, Вы вставили текст в KOI8 кодировке, но мне-таки удалось его прочитать :)

              По сабжу - попробуйте в качестве первого шага поменять ваши 5000 (!) пермутаций на 500

              Возможно, ресурсов компа элементарно не хватает.

              Сорри, я не работаю с FSL, поэтому синтаксис командной строки не могу прокомментировать... но что такое флаг "-V" в конце строки? Variance smoothing? или что?
              Если да, попробуйте убрать его - статистика может быть чуть хуже, но зато у компа появится больше шансов досчитать до конца.

              Комментарий

              Обработка...
              X
              yobit wp super cache yobit.net официальный сайт yobit.net freewallet bgogo