Объявление

Свернуть
Пока нет объявлений.

Выделение лобных долей

Свернуть
X
  • Фильтр
  • Время
  • Показать
Очистить всё
новые сообщения

  • Выделение лобных долей

    Стоит задача выделить лобные доли. В ручную это займет очень много времени... Есть идеи наложения атласов, но не понятно как их подогнать под мои данные. Какие методы решения существуют? Спасибо!

  • #2
    Re: Выделение лобных долей

    Попробую угадать- речь об MRI изображении мозга человека? Или нет?

    Все зависит от того насколько точно вам это нужно. Если хотите точнее - руками поработать все равно придется.

    Чтобы сделать "наложение атласа" надо ваше изображение перевести в координатную систему соответствующего атласа, а также трансформировать размер и форму мозга в соответствии с размером и формой мозга в атласе.

    Например, используя функцию пространственной нормализации в SPM преобразовать изображение которое будет соответствовать форме и размеру т.н. MNI brain template, который, в свою очередь, находится в той же координатной системе и имеет похожую форму, как и мозг в атласе Talairach & Tournoux 1988.
    Электронная версия этого атласа доступна тут

    Однако (!!!) - при процедуре нормализации неизбежны искажения формы и размеров оригинального изображения тем больше, чем больше различия между "стандартным" мозгом и этим изображением.

    Если у вас один или всего несколько таких мозгов, - то я б на вашем месте просто выделил все ручками, пользуясь, например, MRICro
    Последний раз редактировалось EchoKeeper; 19.03.2008, 01:08 AM.

    Комментарий


    • #3
      Re: Выделение лобных долей

      Большое спасибо за ответ! К сожалению обработать придется около 300 человек, поэтому придется разбираться с спм)) Возник вопрос, наложение атласа после нормализации будет служить "примером" для выделения (т.е придется вручную закрашивать все что находится под интересующей структурой атласа) или можно как-то сделать, чтобы рой выделился под закрашенной атласом зоной. Хотя всеравно потом придется вручную докрашивать.. так?

      Комментарий


      • #4
        Re: Выделение лобных долей

        Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
        Большое спасибо за ответ! К сожалению обработать придется около 300 человек
        Жесть. Да, тогда наверное только нормализация + одно ROI на всех, то есть рисовать ROI придется один раз.
        Надеюсь, мозги в Вашей коллекции не содержат обширных зон разрушенной ткани (lesions или атрофию коры) или серьезных деформаций.

        Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
        поэтому придется разбираться с спм))
        ну, например, с SPM. Если Вам только нормализовать, то разбираться не очень долго Хотя, может захотите еще и сегментировать... Что за цель стоит в Вашем исследовании, если не секрет? Вам надо лобные доли в целом, или только серое вещество? Если последнее - бум мучаться еще и с сегментацией

        Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
        Возник вопрос, наложение атласа после нормализации будет служить "примером" для выделения (т.е придется вручную закрашивать все что находится под интересующей структурой атласа)
        Если ROI рисовать самостоятельно (исключительно достойный уважения путь, так как предполагает долю здорового мазохизма и перфекционизма ) - то атлас Вам в помощь, так как и в нем, и в программе-рисовалке одни и те же координаты (цифирки по трем осям) что помогает понять правильно ли рисуются границы ROI.
        Рисовать можно в MRICro или его более "продвинутой" версии MRICroN, используя в качестве подложки уже отнормализованный имидж, темплет из SPM, или (!!!) готовую карту ROI по структурам и полям Бродманна (их можно вызвать из меню MRICro(N) так: File -> Open Templete -> выбрать что надо.

        Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
        или можно как-то сделать, чтобы рой выделился под закрашенной атласом зоной. Хотя всеравно потом придется вручную докрашивать.. так?
        Поскольку "все уже украдено до нас", то можно поискать на просторах интернета уже готовый ROI для фронтальной коры и соответствующий SPMовскому темплету или атласу Talairach., хотя мне, например, всегда приятнее самому помучиться

        Комментарий


        • #5
          Re: Выделение лобных долей

          Так ведь если мы нарисуем один рой на всех пациентов, то объем будет всегда один и тот же.. Я так понимаю что придется этот нарисованный рой корректировать вручную под каждого человека.. да? тем более размер головы различается...
          С сегментацией разобрались, выделять нужно серое вещество в лобных долях.

          Попытался нарисовать рой - получилось, но когда наложил его на серое вещество другого пациента (сегментировалось по одинаковым картам) появились несовпадения из-за разного размера головы..

          Комментарий


          • #6
            Re: Выделение лобных долей

            так опишите уже наконец, какая конкретно стоит задача, я ж не экстрасенс!

            Комментарий


            • #7
              Re: Выделение лобных долей

              задача - посчитать объемы серого вещества в лобных долях у большого количества пациентов)))

              Комментарий


              • #8
                Re: Выделение лобных долей

                Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
                Так ведь если мы нарисуем один рой на всех пациентов, то объем будет всегда один и тот же..
                Тот ROI можно нарисовать по усредненному темплету, а то еще и пофильтровать немного, чтоб он представлял некое приближение к очертаниям лобной коры.
                Далее, берем отсегментрованный и нормализованный имидж серого вещества индивидуального мозга, делаем из него битовую маску (то есть еще один ROI). Затем вычисляем пересечение этих двух ROI и смотрим объем этого пересечения.

                Разумеется, перед этим может быть придется подкорректировать исходный ROI (лучше сделать его копию и корректировать ее, исходник пригодится для следующих мозгов) наложив его в полупрозрачном режиме на имидж серого вещества индивид. мозга.

                Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
                Я так понимаю что придется этот нарисованный рой корректировать вручную под каждого человека.. да? тем более размер головы различается...
                Вот-вот! Если на измерении объема серого вещества работа с мозгами заканчивается и начинается работа с цифрами, то, разумеется, данный объем серого в-ва надо нормализовать на объем головы (или лучше внутричерепной объем), т.к. разумеется, у разных людей разные головы.
                На самом деле, если есть совсем крайние варианты (очень маленькие, явно деформированные и.т.п. головы), я бы выкинул их изначально из анализа.

                Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
                С сегментацией разобрались, выделять нужно серое вещество в лобных долях.
                Попытался нарисовать рой - получилось, но когда наложил его на серое вещество другого пациента (сегментировалось по одинаковым картам) появились несовпадения из-за разного размера головы..
                ок, см выше. !!! Да, то что я написал - это не есть некий "стандарт", это все я только-что придумал

                Комментарий


                • #9
                  Re: Выделение лобных долей

                  Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
                  задача - посчитать объемы серого вещества в лобных долях у большого количества пациентов)))
                  Это не задача, это первый шаг, видимо. Задача, как правило, подразумевает вычисление разницы или корреляции.

                  Комментарий


                  • #10
                    Re: Выделение лобных долей

                    Сообщение от dollysheep Посмотреть сообщение
                    задача - посчитать объемы серого вещества в лобных долях у большого количества пациентов)))
                    Можно поступить грубо, если нужно лишь оценить разброс между группами. Обрезаете любой автоматической софтиной (к примеру, bet) череп. Потом берёте переднюю треть томограммы и считаете в ней количество вокселей в диапазоне яркости серого вещества.

                    Комментарий


                    • #11
                      Re: Выделение лобных долей

                      А можно немного по подробнее про работу с spm? Почитав эту ветку решил поставить ее для сегментирования серого вещества, но человеческого руководства по работе с ней не нашел. Диком при сегментации у меня не хочет подхватывать.

                      Комментарий


                      • #12
                        Re: Выделение лобных долей

                        Сообщение от PAvel.A Посмотреть сообщение
                        А можно немного по подробнее про работу с spm? Почитав эту ветку решил поставить ее для сегментирования серого вещества, но человеческого руководства по работе с ней не нашел. Диком при сегментации у меня не хочет подхватывать.
                        SPM понимает Analyze и NIFTI форматы. Dicom файлы надо сначала конвертировать в один из этих форматов. Встроенный конвертер есть в самом SPM-е. Существуют также отдельные утилиты, не входящие в пакет SPM - все зависит от модальности исходных данных (PET, SPECT, MRI) и, иногда, типа сканнера.

                        Комментарий


                        • #13
                          Re: Выделение лобных долей

                          Да, с Dicom разобрался. У меня в принципе стоит задача анализа программ по автоматической сегментации изображений, в частности серого и белого вещества головного мозга и сейчас как раз использую для анализа spm.

                          Комментарий

                          Обработка...
                          X
                          yobit wp super cache yobit.net официальный сайт yobit.net freewallet bgogo